In Deutschland wurden die theoretischen Grundlagen des genetischen Monitorings im Jahr 2004 mit der Erarbeitung eines "Konzeptes zum genetischen Monitoring für Waldbaumarten in der Bundes­republik Deutschland" gelegt. Eine "Anleitung zur Durchführung des genetischen Monitorings für bestandesbildende Baumarten" (2008) ist Grundlage für die praktische Umsetzung des Konzeptes.

Ziel des genetischen Monitorings ist die langfristige Dokumentation der Veränderung der genetischen Strukturen der Waldbaumarten durch periodische Aufnahmen. Es leistet damit einen essentiellen Beitrag zur Abschätzung und Bewertung der Wirkung von Einflussfaktoren auf das genetische System von Wäldern.

Bisher wurde das genetische Monitoring auf 13 Flächen in fünf Bundesländer für vier Baumarten (Rot-Buche, Trauben- und Stiel-Eiche, Vogel-Kirsche) etabliert. Entsprechend den Vorgaben des Konzeptes wurden sowohl bewirtschaftete als auch unbewirtschaftete Flächen einbezogen, die bereits als forstliche Versuchsflächen, Naturwälder, Saatguterntebestände oder zur Umweltkontrolle genutzt wurden.

Die Ergebnisse des genetischen Monitorings dienen der forstlichen Praxis, dem Naturschutz, der Politikberatung, der Wissenschaft sowie dem Informationsaustausch mit anderen Monitoring-Systemen. Mit diesem Monitoring werden Forderungen des Übereinkommens über die biologische Vielfalt erfüllt.
Aktuell wird im Waldklimafonds ein Projekt zur „Einrichtung eines genetischen Monitorings für Buche und Fichte in Deutschland zur Bewertung der genetischen Anpassungsfähigkeit der Baumarten gegenüber Umweltveränderungen“ (GenMon) gefördert.