Die Grau-Erle gilt in ihrem Bestand in Deutschland als nicht gefährdet. Durch die fehlende Flussdynamik in den Auwäldern verändern sich aber die bestehenden Wälder immer mehr und entwickeln sich zu Hartholzauen. Daher hat die Grau-Erle dort weniger Chancen sich natürlich zu erhalten. Insgesamt wurden im Rahmen des Projektes ca. 2,1 Millionen Bäume in 506 Vorkommen erfasst.

Der Verbreitungsschwerpunkt der Grau-Erle liegt südlich der Donau. Für die Grau-Erle konnten fünf Genzentren in drei Regionen lokalisiert werden (Südbayern, Harz und Mecklenburg-Vorpommersche Seenplatte). Aufgrund der äußerst geringen Diversität der Grau-Erle wird eine gezielte Ex-situ-Erhaltung in Samenplantagen empfohlen, um Populationen mit höherer Vielfalt und Diversität zu schaffen.