Die Gemeine Trauben-Kirsche gilt in ihrem Bestand in Deutschland als nicht gefährdet. Die Baumart ist aufgrund ihres natürlichen Verbreitungsgebietes im manchen Teilen Deutschlands aber seltener als in anderen Teilen.

Die bevorzugt in Auwäldern lokalisierten Trauben-Kirschen zählen bundesweit rund 3,9 Millionen Individuen. Davon finden sich über 1,3 Millionen Bäume in Niedersachsen und knapp 900.000 in Sachsen-Anhalt. Größere Vorkommen sind im Norddeutschen Tiefland, an der mittleren Elbe, in der Oberrheinebene, an der Donau und im Bodenseegebiet lokalisiert.

Als Genzentren können insbesondere die Weserregion in Ostfriesland, die Elbe im Wendland sowie der Elbe-Havel-Bereich, der Oberrheingraben, die bayerische Donau und das Bodensee-Gebiet angesehen werden.