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Die Grün-Erle gilt in ihrem Bestand in Deutschland als nicht gefährdet. Es wurden 32 Vorkommen mit über 110.000 Grün-Erlen kartiert. Ihr Verbreitungsschwerpunkt liegt in den Allgäuer Alpen. Darüber hinaus existieren 22 nacheiszeitliche Reliktvorkommen mit insgesamt lediglich 1.000 Individuen im Schwarzwald.
Sowohl die sehr kleinen Reliktvorkommen im Schwarzwald als auch die großen Bestände in den Alpen sollten mit ihren spezifischen Genpools erhalten werden. Die genetische Variation innerhalb der Vorkommen ist bei der Grün-Erle deutlich höher als bei der Grau-Erle.