Die Europäische Schwarz-Pappel gilt in ihrem Bestand bundesweit als gefährdet. Diese Einschätzung beruht vorrangig auf der Kenntnis des großflächigen Habitatverlustes von Weichholzauen und der Hybridisierungsgefahr mit fremdländischen Pappelarten sowie der Beobachtung von Absterbeerscheinungen an einzelnen gut untersuchten Vorkommen.

Es wurden 283 Vorkommen der Schwarz-Pappel nachgewiesen, die aus ca. 44.463 Individuen bestehen. Erwartungsgemäß bildeten die Auengebiete größerer Flussläufe den Verbreitungsschwerpunkt. So befinden sich die stammzahlreichsten Vorkommen entlang der unteren Oder, der mittleren Elbe und des oberen Rheins in den Bundesländern Baden-Württemberg, Sachsen-Anhalt, Niedersachsen und Brandenburg.

Für Deutschland wurden fünf Verbreitungsschwerpunkte identifiziert, die auch künftig den Genpool der Schwarz-Pappel beherbergen werden.