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Die Eibe gilt in ihrem Bestand bundesweit als gefährdet. Diese Einschätzung beruht vor allem auf der regional beschränkten Verbreitung der Eibe und ihrem Vorkommen in geringen bis mäßigen Anteilen in Buchenwaldgesellschaften.
Der Schwerpunkt der bundesweit etwa 60.000 erfassten Bäume liegt in Thüringen und Bayern, wobei das Mitteldeutsche Trias-Berg- und Hügelland, das Ostthüringische Trias-Hügelland sowie die Frankenalb und der Oberpfälzer Jura die Zentren der Verbreitung darstellen.
Auf den Seiten des Geoportals GDI-BMEL (Geodateninfrastruktur des Geschäftsbereichs des Bundesministeriums für Ernährung und Landwirtschaft) werden ausgewählte Ergebnisse zur Eibe (Vorkommen, Baumanzahl, Naturverjüngung, Vitalität, Erhaltungsfähigkeit und Genzentren) als Geoinformationen (Karten bezogen auf Vorkommen in einem 5x5km Raster) präsentiert.
Insgesamt wurden 342 Eibenvorkommen mit zusammen 60.000 Bäumen aufgenommen. Die Karte zeigt die Lage der Vorkommen in Deutschland. Die Anzahl der Vorkommen in den Bundesländern ist sehr differenziert.
Thüringen ist mit rund 33.200 Eiben das eibenreichste Bundesland, gefolgt von Bayern mit rund 14.700 und Baden-Württemberg (ca. 2.500). In Mecklenburg-Vorpommern, Hessen, Niedersachsen und Brandenburg finden sich je zwischen 3.000 und 1.000 Individuen. Generell sind die Eiben-Populationen sehr klein.
Die Daten unterstreichen das geringe Verjüngungspotenzial der Eibe. Die Schwerpunkte der Verjüngungsflächen liegen im Alpenraum, auf der Schwäbischen Alb und in Thüringen.
Die Vitalität eines Vorkommens ist einer der entscheidenden Parameter, um die Anpassung eines Baumes an den Standort und die umgebende Umwelt zu beschreiben. Bis auf Sachsen-Anhalt, Sachsen und Rheinland-Pfalz handelt es sich in den übrigen Bundesländern überwiegend um vitale Bestände. Bei der Einschätzung der Erhaltungswürdigkeit ist die Vitalität daher von großer Bedeutung.
Zur Bewertung der Erhaltungsfähigkeit von Vorkommen wurden die drei Parameter Abundanz, durchschnittliche Vitalität und die Altersstrukturqualität in Zusammenhang gestellt. Der Anteil der mit sehr gut oder gut bewerteten Vorkommen ist dabei sehr gering (4,1%). Als geschwächt wurden 11,5 % der Vorkommen bewertet. Die überwiegende Zahl der Vorkommen (83,8 %) wurde in die Stufe bedroht eingeordnet und 0,6 % der Vorkommen wurden als absterbend beurteilt. Diese Zahlen belegen die Notwendigkeit von Maßnahmen zur Förderung der Eibe in situ bzw. der Etablierung von Ex-situ-Erhaltungsmaßnahmen.
Ziel von Generhaltungsmaßnahmen ist es, große, reproduktive Populationen zu erhalten oder zu schaffen. Für die Ausweisung von Generhaltungswäldern sind die Bundesländer bzw. die von ihnen beauftragten forstlichen Versuchsanstalten zuständig. Daher haben die Ergebnisse für die aus bundessicht als Genzentren vorgeschlagenen Regionen oder Vorkommen in Nordostdeutschland, Westdeutschland, Mitteldeutschland und Süddeutschland nur empfehlenden Charakter.