Der Wild-Apfel ist in seinem Bestand bundesweit als gefährdete Baumart einzustufen. Die Gründe für seine Seltenheit und Gefährdung liegen zum einen in seiner Konkurrenzschwäche gegenüber forstlichen Wirtschaftsbaumarten, durch die er – auch wegen mangelnder waldbaulicher Förderung – aus genutzten Wäldern auf Randlagen und Extremstandorte verdrängt wird. Zudem ist die Gefahr genetischer Introgression durch Kulturäpfel ist gegeben.

In Deutschland existieren noch ca. 5.500 Individuen in ca. 250 Wild-Vorkommen. Die meisten Vorkommen sind in Mecklenburg, Süd-Niedersachsen und im Süden Baden-Württembergs lokalisiert; die meisten Individuen in Sachsen-Anhalt und Baden-Württemberg.

Wichtige Genzentren befinden sich in Südwestdeutschland in Mitteldeutschland im Osterzgebirge sowie in Nord-Brandenburg und an der Mecklenburg-Vorpommerschen Ostseeküste.