Ziel des genetischen Monitorings ist es, mit einer Grund- und nachfolgenden Wiederholungsaufnahmen Einsicht in die Veränderung der genetischen Strukturierung der unsere Waldlandschaften prägenden Waldbaumarten zu gewinnen. Hierbei sollen die Mechanismen beobachtet werden, welche der Erzeugung, der Bewahrung und der Änderung der genetischen Variation sowie ihrer Weitergabe an die Folgegeneration dienen. Die erhaltenen Befunde bilden damit die Grundlage zur langfristigen Bewertung des genetischen Systems der untersuchten Bestände. Dies ist eine wichtige Voraussetzung für die Beurteilung der Anpassungsfähigkeit und der Stabilität der Wälder im Zuge evolutiver Veränderungen. Vor dem Hintergrund des Klimawandels erlangt das genetische Monitoring besondere Bedeutung als Frühwarnsystem für Ökosystemveränderungen.
In Deutschland wurden die theoretischen Grundlagen des genetischen Monitorings im Jahr 2004 mit der Erarbeitung eines "Konzeptes zum genetischen Monitoring für Waldbaumarten in der Bundesrepublik Deutschland" gelegt. Eine "Anleitung zur Durchführung des genetischen Monitorings für bestandesbildende Baumarten" (2008) ist Grundlage für die praktische Umsetzung des Konzeptes.
Bisher wurde das genetische Monitoring auf zehn Flächen in fünf Bundesländer begonnen bzw. fortgeführt. Einbezogen wurden vier Baumarten (Rot-Buche, Trauben- und Stiel-Eiche, Vogel-Kirsche). Entsprechend den Vorgaben des Konzeptes wurden sowohl bewirtschaftete als auch unbewirtschaftete Flächen einbezogen, die bereits als forstliche Versuchsflächen, Naturwälder, Saatguterntebestände oder zur Umweltkontrolle genutzt wurden.
