Der beste Weg zur Erhaltung einheimischer Nutztierrassen ist deren Einsatz in einer nachhaltigen Landwirtschaft. Sofern es sich dabei um gefährdete Nutztierrassen handelt, wird häufig von der On-farm-Erhaltung  (auch In-situ-Erhaltung) gesprochen.

Hier sind vor allem die in Zuchtverbänden organisierten Züchter angesprochen. Für die zumeist nicht gefährdeten Leistungsrassen werden Zuchtprogramme durchgeführt, die vorrangig der Steigerung der Leistungen dienen. Leistungen können je nach Tierart und Nutzungsrichtung die Mast-, Milch- oder Wollleistung, die Produktqualität und weitere wirtschaftlich bedeutsame Merkmale sein. Für besonders stark gefährdete Nutztierrassen sind hingegen Erhaltungszuchtprogramme erforderlich, welche vorrangig den Inzuchtzuwachs begrenzen sollen.

Die Gefährdung einer Nutztierrasse ergibt sich oft aus ökonomischen Nachteilen gegenüber Leistungsrassen. Zwar können sich die Rahmenbedingungen auch wieder ändern und einstmals vom Aussterben bedrohte Nutztierrassen wieder vermehrt eingesetzt werden. Bis dahin müssen jedoch die wirtschaftlichen Nachteile der gefährdeten Nutztierrassen so ausgeglichen werden, dass deren Züchter und Halter rentabel arbeiten können. Eine sehr effektive Maßnahme sind die Haltungsprämien für gefährdete Nutztierrassen. Auch kann die Besetzung von Marktnischen, beispielsweise in der Regionalvermarktung helfen, sofern hierüber ausreichend hohe Erzeugerpreise erzielt werden können.

Auch der Ökolandbau mit seiner extensiveren Wirtschaftsweise bietet Chancen für einige seltene Nutztierrassen. Zudem fordern die EU-Rechtsvorschriften für den Ökolandbau (Artikel 8 der Verordnung (EG) Nr. 889/2008) den bevorzugten Einsatz einheimischer Nutztierrassen. In der Mutterkuhhaltung beispielsweise kann das Spektrum einheimischer Rinderrassen nahezu jede Haltungsform bedienen.  

Nicht zuletzt der Einsatz gefährdeter, extensiver Nutztierrassen in der Landschaftspflege und im Naturschutz stellt eine Form der On-farm-Erhaltung dar.

Die Gesellschaft zur Erhaltung alter und gefährdeter Haustierrassen e.V. (GEH) führt seit 1995 erfolgreich in deren Arche-Einrichtungen die On-farm-Erhaltung gefährdeter Nutztierrassen durch. Im Geflügelbereich setzt sich auch die Initiative zur Erhaltung alter Geflügelrassen e. V. (IEG) zur Inwertsetzung des Rassegeflügels in der Landwirtschaft ein.